Die Kunsthandlung Hugo Helbing wurde ab 1933 systematisch durch das NS-Regime zerstört. Bereits im März 1933 wurde eine von Helbing gemeinsam mit Alfred Flechtheim und der Galerie Paffrath organisierte Auktion durch die SA gewaltsam beendet – ein frühes Zeichen antisemitischer Repressionen im Kunsthandel. Die Veranstaltung umfasste auch Werke der von den Nationalsozialisten als „entartet“ diffamierten Moderne.
Ab Juli 1933 erfolgte die Gleichschaltung der kunsthandelsrelevanten Verbände. Adolf Weinmüller, NSDAP-Mitglied seit 1931, wurde Vorsitzender des Bundes deutscher Kunst- und Antiquitätenhändler. Unter seiner Mitwirkung wurde das „Gesetz über das Versteigerungsgewerbe“ (1934) erlassen, das Händler jüdischer Herkunft gezielt ausschloss. Die Voraussetzung zur Teilnahme am Kunst- und Auktionswesen war fortan die Mitgliedschaft in der Reichskulturkammer, die diesen Händlern systematisch verweigert wurde. Auch Hugo Helbing verlor dadurch seine Versteigerungserlaubnis. Eine Übergabe der Firma an seinen „arischen“ Prokuristen Adolf Alt scheiterte, da die Firma weiterhin als „jüdisch“ galt.
Die Teilhaber Helbings verließen bis 1936 das Unternehmen, während die Filiale in Frankfurt a. M., ab 1935 unter alleinigen Leitung Arthur Kauffmanns, noch bis 1937 mit Sondergenehmigung arbeiten konnte. Gleichzeitig stieg Adolf Weinmüller mit Unterstützung der NSDAP zur dominierenden Figur des Münchner Kunstmarkts auf und profitierte direkt von der Repression gegen Händler jüdischer Herkunft.
Im Zuge der Novemberpogrome 1938 wurde Helbings Firma geschlossen, und Max Heiß als „Treuhänder“ eingesetzt. Helbing selbst wurde am 9. November in seiner Wohnung schwer misshandelt, nachdem ihm die Deportation seines Sohnes nach Dachau mitgeteilt worden war. Am 30. November 1938 starb Hugo Helbing an den Folgen dieser Misshandlung. Seine Beerdigung fand unter Aufsicht der NS-Behörden ohne öffentliche Anteilnahme statt.
Das Erbe Helbings schlugen seine Witwe Lydia und sein Sohn Fritz unter massivem Druck von Max Heiß aus, der mit der Drohung einer Enteignung des gesamten Familienvermögens agierte. Der Nachlass wurde unter Heiß‘ Verwaltung abgewertet und weitgehend der Reichskammer der bildenden Künste zugeschlagen. Eine spätere Bilanz zeigt jedoch eine deutlich höhere Bewertung der Firma, was auf eine systematische Herabsetzung zur Rechtfertigung der „Arisierung“ hinweist.
Heiß versuchte, das Unternehmen selbst zu übernehmen, was gegen die rechtlichen Vorgaben für Treuhänder verstieß. Schließlich wurde die Firma 1941 an Jakob Scheidwimmer übertragen, der sie unter neuem Namen bis zum Kriegsende führte. Eine Versteigerungslizenz wurde ihm jedoch nicht erteilt. Adolf Weinmüllers Monopol blieb somit erhalten.
Ein nach dem Krieg eingeleitetes Wiedergutmachungsverfahren durch Dr. Hans Raff führte zu keinem zufriedenstellenden Ergebnis. Wichtige Teile von Helbings Sammlung blieben verschwunden, Geschäftsunterlagen aus der Zeit der Treuhänderschaft waren nicht mehr auffindbar. Die „Arisierung“ der Firma Hugo Helbing steht exemplarisch für die ökonomische Vernichtung Kunsthändler jüdischer Herkunft im Nationalsozialismus und die gezielte Machtergreifung „arischer“ Konkurrenten unter dem Deckmantel scheinlegaler Maßnahmen.